目前，世界各國在水處理實(shí)踐中，普遍存在于藻類(lèi)問(wèn)題，藻類(lèi)含量高時(shí)會(huì )影響混凝和沉淀，增加混凝劑量；堵塞濾池，縮短濾池過(guò)濾周期；致臭并產(chǎn)生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副產(chǎn)物，降低飲用水安全性。
臭氧發(fā)生器處理作用之一是溶裂藻細胞，二是殺藻，使死亡的藻類(lèi)易于被后續工藝去除。臭氧發(fā)生器可作為除藻的一種預處理設備，它和常規處理及其它技術(shù)配合使用，是處理富營(yíng)養化水源水藻類(lèi)問(wèn)題的有效途徑之一。藻毒素正成為藻類(lèi)污染的另一重點(diǎn)，在一定條件下，臭氧發(fā)生器可有效去除某些藻毒素，具體去除率主要取決于臭氧投加量，其次取決于原水水質(zhì)(藻毒素類(lèi)型、有機物性質(zhì)及濃度、堿度等)。
       在使用臭氧發(fā)生器處理含藻類(lèi)的水之后，測試結果表明，利用臭氧發(fā)生器處理30分鐘，含40－50萬(wàn)個(gè)/ml單胞藻及原生動(dòng)物的海水以后，再用顯微鏡觀(guān)察，發(fā)現其所有的原生動(dòng)植物呈爆炸性死亡。把經(jīng)過(guò)水處理臭氧機處理的海水繼續培養兩個(gè)星期以后，檢驗測時(shí)，仍未發(fā)現任何生物，且水質(zhì)清澈透明。取赤潮海水，進(jìn)行30分鐘臭氧處理后，紅色赤潮海水被氧化變?yōu)榘咨该?，水中夜光蟲(chóng)全部被殺死，且呈粉碎狀。

      臭氧發(fā)生器采用混凝法除藻時(shí)應根據藻的種類(lèi)選擇藥劑。去除硅藻時(shí)可單獨投加硫酸鋁，去除綠藻一般需要預氧化，預加氯時(shí)其去除率約為95%～98%，無(wú)預氯化時(shí)其平均去除率為85%(如果考慮到預加氯會(huì )產(chǎn)生三鹵甲烷，也可以用其他氧化劑)。藍、綠藻會(huì )產(chǎn)生臭味，甚至含有毒素，并且會(huì )分泌黏液造成配水管網(wǎng)中出現后絮凝現象，此種分泌物又可能轉化為三鹵甲烷母體，因此是水處理中較難去除的藻類(lèi)，也是多數富營(yíng)養化水體中主要生長(cháng)的藻類(lèi)，它對混凝劑投量的調整極為敏感。

另外，藻類(lèi)代謝產(chǎn)生的有機物對絮凝和過(guò)濾也有影響，其原因是該有機物中的酸性物質(zhì)與混凝劑(鐵鹽或鋁鹽)的水解產(chǎn)物發(fā)生反應，生成的表面絡(luò )合物附著(zhù)在絮體顆粒表面，阻礙了顆粒相互碰撞，因此必須增加混凝劑的投量補償由于表面絡(luò )合物的形成對顆粒脫穩和絮凝造成的影響。